Alimenty na dnes už 17-ročnú Suri, ktorá je jeho biologickou dcérou, totiž odmieta platiť dlhšie, ako musí aj napriek tomu, že peniaze by mu ani zďaleka nechýbali. Vraj za to môže sekta, ktorá uznáva scientológiu. Cruise jej úplne podľahol a s ním aj jeho druhá manželka, herečka Nicole Kidman už pred rokmi a do pochybnej cirkvi vstúpili aj ich dve adoptované deti, Isabella a Connor. Nicole sa síce časom spamätala a začala žiť normálnym životom, Cruise však nie.
Tak keď sa po 11-ročnom manželstve s Nicole Kidman oženil tretíkrát a spolu s herečkou Katie Holmes počali dcéru Suri, všetko sa zrútilo ako domček z karát. Keď mala Suri asi tri roky, Tom vyžadoval jej zasvätenie k scientológom. To Katie odmietala a manželia sa začali hádať až natoľko, že sa časom rozviedli.